マイクロバイオーム解析のための計測レファレンスの開発
マイクロバイオーム解析法のひとつとして、16S rRNA遺伝子を用いたアンプリコンシーケンスや、ショットガンシーケンスなどのメタゲノム解析が用いられています。メタゲノム解析では、ゲノムの抽出からシーケンスデータの取得までの一連の工程において、実験手法や試薬等の違いから各行程にバイアスが生じ、その結果、解析結果に影響を及ぼすことが報告されています文献1,2）。
そこでNITEでは、マイクロバイオーム解析における実験プロトコールの最適化やバリデーション評価に使用できる計測レファレンスの開発を行っています。
文献1：The truth about metagenomics: quantifying and counteracting bias in 16S rRNA studies. BMC Microbiol. 2015 Mar 21;15:66.
文献2：Towards standards for human fecal sample processing in metagenomic studies. Nat Biotechnol. 2017 Nov;35(11):1069-1076.
マイクロバイオーム計測用レファレンス
NITEで開発を行っている計測用レファレンスには、菌体カクテルとDNA カクテルの2種類があります。菌体カクテルは、NITEで保有する菌株の中からグラム染色・GC含量・ゲノムサイズが異なる複数の株を使用し、それぞれを細胞数で均等に混合したものです。DNA カクテルは、菌体カクテルの作成に使用したものと同じ菌株から抽出したゲノムDNA を用い、それぞれを遺伝子数で均等に混合したものです。
これらの計測用レファレンスは、試料からのDNA 抽出方法、アンプリコンシーケンス解析に用いるプライマーの選定やライブラリー作成試薬等の評価をはじめとしたプロトコールの確認、作業者間の手技の確認や新規作業者のトレーニングなどにお使い頂けます。
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