NBRC微生物カクテル-Basic-のラインナップと特徴
NBRCでは微生物叢（マイクロバイオーム）研究をサポートするために、国産初の「NBRC微生物カクテル」を開発し、2019年5月21日より提供を開始しました。
NBRC微生物カクテルには、NBRC株の菌体（細胞）から構成された菌体カクテルと、DNAから構成されたDNAカクテルの2種類があります。それぞれ等量の菌体またはDNAが混合されており、計測用のレファレンスとして有効です。使用したNBRC株のゲノム配列は公開しています。
ラインナップ
NBRC微生物菌体カクテル-Basic-（Cell-Mock-002）
菌体カクテルは15種のNBRC株を純粋培養し、それぞれの細胞数が等量となるよう混合したものです。
DNA抽出効率が異なるグラム陽性/陰性菌を混合しているため、DNA抽出における試薬の検討や一連の実験工程を通したプロトコルの検証などにおすすめです。
現在提供中のロット
- データシート※1240701KC（2024.8.20 データシート更新）
※1：データシートでは各ロットにおける検証結果（ショットガンシーケンスを用いた検出割合）や使用例（16SrRNA遺伝子を対象にしたアンプリコンシーケンス解析）の結果を公開しています。
NBRC微生物DNAカクテル-Basic-（DNA-Mock-002）
DNAカクテルは、菌体カクテルの作製に使用した15株の純粋培養物からDNAを抽出し、それぞれのゲノムDNAのコピー数を等量となるよう混合したものです。
サイズやGC含量が異なるゲノムを混合しているため、シーケンスライブラリーの調製方法やデータ解析方法の検証などにおすすめです。
現在提供中のロット
- データシート※2240701KD（2024.8.20 データシート更新）
※2：データシートでは各ロットにおける検証結果（ショットガンシーケンスを用いた検出割合）や使用例（16SrRNA遺伝子を対象にしたアンプリコンシーケンス解析）の結果を公開しています。
NBRC微生物カクテル-Basic-に含まれる15種の微生物
| 学名 | NBRC 番号 |
グラム 染色 |
ゲノム サイズ(Mbp) |
GC 含量 (%) |
16S rRNA コピー数 |
バイオ セ－フティ レベル |
| Bacillus subtilis | 13719T | 陽性 | 4.3 | 43.3 | 10 | 1 |
| Bifidobacterium pseudocatenulatum | 113353 | 陽性 | 2.3 | 56.4 | 5 | 1 |
| Clostridium butyricum | 13949T | 陽性 | 4.7 | 28.7 | 11 | 1 |
| Corynebacterium striatum | 15291T | 陽性 | 3.1 | 59.1 | 4 | 1* |
| Cutibacterium acnes subsp. acnes | 113869 | 陽性 | 2.6 | 60.0 | 3 | 1* |
| Enterocloster clostridioformis | 113352 | 陽性 | 5.7 | 48.9 | 5 | 1* |
| Lactobacillus delbrueckii | 3202※3 | 陽性 | 1.9 | 50.1 | 8 | 1 |
| Staphylococcus epidermidis | 113846 | 陽性 | 2.5 | 32.1 | 6 | 1* |
| Streptococcus mutans | 13955T | 陽性 | 2.0 | 36.9 | 5 | 1* |
| Acinetobacter radioresistens | 102413T | 陰性 | 3.4 | 41.4 | 6 | 1* |
| Bacteroides uniformis | 113350 | 陰性 | 5.0 | 46.2 | 4 | 1* |
| Comamonas terrigena | 13299T | 陰性 | 4.7 | 65.0 | 7 | 1* |
| Escherichia coli (K-12株） | 3301 | 陰性 | 4.8 | 50.8 | 7 | 1 |
| Parabacteroides distasonis | 113806 | 陰性 | 5.2 | 45.0 | 7 | 1* |
| Pseudomonas putida | 14164T | 陰性 | 6.2 | 62.3 | 7 | 1* |
※3:本菌株は登録以降から2022年までLactobacillus delbrueckii subsp. delbrueckiiの基準株として公開していましたが、ゲノム解析の結果、L. delbrueckii subsp. lactisまたはL. delbrueckii subsp. jakobseniiに近縁であることが判明したため、当該亜種の基準株指定を外しました。
NBRC微生物カクテル-Basic-構成株のゲノム配列情報
| 学名 | NBRC 番号 | ゲノム情報 アクセッション番号 |
分離源 | |
| ヒト由来 | Bacteroides uniformis | 113350 | AP019724, AP019725, AP019726, AP019727, AP019728 |
ヒトの糞便 |
| Bifidobacterium pseudocatenulatum | 113353 | BJLC00000000 | ヒトの糞便 | |
| Enterocloster clostridioformis | 113352 | BJLB00000000 | ヒトの糞便 | |
| Cutibacterium acnes subsp. acnes | 113869 | CP084017 | ヒトの皮膚（鼻） | |
| Escherichia coli（K-12株） | 3301 | CP048439, CP048440 | ヒトの糞便 | |
| Parabacteroides distasonis | 113806 | AP019729 | ヒトの糞便 | |
| Staphylococcus epidermidis | 113846 | CP084008, CP084009, CP084010, CP084011 | ヒトの皮膚（鼻） | |
| Streptococcus mutans | 13955T | AP019720 | う蝕象牙質 （虫歯） |
|
| 環境由来 | Acinetobacter radioresistens | 102413T | AP019740, AP019741, AP019742, AP019743, AP019744, AP019745, AP019746, AP019747, AP019748 | γ線滅菌された綿 |
| Comamonas terrigena | 13299T | AP019749 | 干し草抽出液 | |
| その他 | Bacillus subtilis | 13719T | AP019714, AP019715 | 不明 |
| Clostridium butyricum | 13949T | AP019716, AP019717, AP019718, AP019719 | ブタの腸 | |
| Corynebacterium striatum | 15291T | BJLD00000000 | 不明 | |
| Lactobacillus delbrueckii | 3202※3 | AP019750 | サワー・グレイン・マッシュ | |
| Pseudomonas putida | 14164T | AP013070 | 不明 |
※3:本菌株は登録以降から2022年までLactobacillus delbrueckii subsp. delbrueckiiの基準株として公開していましたが、ゲノム解析の結果、L. delbrueckii subsp. lactisまたはL. delbrueckii subsp. jakobseniiに近縁であることが判明したため、当該亜種の基準株指定を外しました。
特徴
●幅広い分類群をカバーした15種の細菌株を使用
●様々な環境（腸内、口腔内、皮膚、自然環境）から検出される種を使用
●DNA抽出が困難なグラム陽性菌と抽出が容易な陰性菌をバランス良く混合
●16S rRNA遺伝子のコピー数、ゲノムサイズ、GC含量が多様
●カクテル構成株の全ゲノム配列が入手可能
●カクテル構成株はNBRC株として入手可能
品質確認
- NBRC微生物カクテル-Basic-（Cell-Mock-002, DNA-Mock-002）の品質確認
アプリケーション例
NBRC微生物カクテルは、試料からのDNA 抽出方法、アンプリコンシーケンス解析に用いるプライマーの選定やライブラリー調製試薬等の評価をはじめとしたプロトコルの確認、作業者間の手技の確認や新規作業者のトレーニングなどにお使い頂けます。
【利用例】
●菌叢解析におけるコントロール
●試薬・キットの開発における疑似サンプル
●事業所・作業者ごとの精度管理用サンプル
●プロトコル（方法・試薬）の確認
●SOP（標準作業手順書）のバリデーション
●試薬・装置の開発
●模擬微生物叢
●作業者の教育訓練
現在、提供しているNBRC微生物カクテルは以下2種類です。
| 製品名 | NBRC微生物菌体カクテル-Basic- Cell-Mock-002 |
NBRC微生物DNAカクテル-Basic- DNA-Mock-002 |
| 内容量 | 100 µL × 5本 | 30 µL |
| 手数料 (税込・送料別) |
¥46,750 | ¥33,990 |
| 保存溶媒 | 15% glycerol in PBS (pH7.4) | 10 mM Tris-HCl（pH8.5） |
| 含有量 | 細胞数 ： 4x109 細胞/100 µL | 濃度 ： 50 ng/µL |
| 保存形態 | 凍結（－80℃）※4 | 凍結（－80℃）※4 |
| データシート※5 | 240701KC 提供中のロット |
240701KD 提供中のロット |
詳細は手数料・消費税率改定のお知らせをご覧ください。
- ※4：入手後は－80℃のフリーザーで、凍結保存を行ってください。
- ※5：データシートでは各ロットにおける検証結果（ショットガンシーケンスを用いた検出割合）や使用例（16SrRNA遺伝子を対象にしたアンプリコンシーケンス解析）の結果を公開しています。
- ・手数料は送料を含みません（送料着払いにて送付します）。
- ・振込手数料は依頼者様がご負担ください。
過去提供していたデータシートについて
過去、提供していたNBRC微生物カクテルは以下の通りです。
| 製品名 | NBRC微生物菌体カクテル-Basic- Cell-Mock-002 |
NBRC微生物DNAカクテル-Basic- DNA-Mock-002 |
| データシート※6 | 210701KC | 210801KD |
- ※6：データシートでは各ロットにおける検証結果（ショットガンシーケンスを用いた検出割合）や使用例（16SrRNA遺伝子を対象にしたアンプリコンシーケンス解析）の結果を公開しています。
| 製品名 | NBRC微生物菌体カクテル Cell-Mock-001 |
NBRC微生物DNAカクテル DNA-Mock-001 |
| データシート※7 | BK1912001 BK1906001 BK1902001 |
BK1912D01 BK1903D01 |
- ※7：データシートでは各ロットにおける検証結果（ddPCRを用いた検出割合）や使用例（16SrRNA遺伝子を対象にしたアンプリコンシーケンス解析）の結果を公開しています。
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- 独立行政法人製品評価技術基盤機構 バイオテクノロジーセンター バイオ技術評価・開発課（かずさ）
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