次世代MALDI-TOF MS微生物同定ソフトウェアの開発と実測データの公開について
株式会社島津製作所、国立研究開発法人産業技術総合研究所との連携事業概要
NITEは、株式会社島津製作所、国立研究開発法人産業技術総合研究所と三者で連携し、従来のMALDI-TOF MSを用いた微生物同定の課題解決に向けて取り組んできました。その成果のひとつとして、原核微生物を対象とした次世代のMALDI-TOF MS微生物同定ソフトウェアの開発、製品化がなされました。
株式会社島津製作所プレスリリースページ
本ソフトウェアでは、ゲノム情報に含まれる遺伝子からその微生物が生成するタンパク質の理論質量を算出したデータベースを用いており、未培養や難培養の微生物も含めた約85,000種の原核微生物を網羅しています。MALDI-TOF MSのメーカーや機種に依存せず微生物の培養条件にも左右されずに同定が可能です。
NITEは、実測データの取得や同定結果の妥当性の評価などにより、この開発と製品化に貢献しました。
微生物のMALDI-TOF MS実測データの提供
株式会社島津製作所、国立研究開発法人産業技術総合研究所とNITEの三者の共同研究で得られた、細菌591種のMALDI-TOF MS実測データを、テキスト形式のマススペクトルデータ（以下「本データ」という。）として、提供を開始しました。産業分野で広く用いられている以下の属が含まれます。
表 実測データとして提供している微生物の属名と株数
| 属名 | 株数 | 属名 | 株数 | 属名 | 株数 | 属名 | 株数 |
| Acetobacter | 2 | Corynebacterium | 16 | Lacticaseibacillus | 5 | Paraprevotella | 1 |
| Achromobacter | 2 | Cronobacter | 1 | Lactiplantibacillus | 5 | Paucilactobacillus | 2 |
| Acinetobacter | 18 | Cupriavidus | 2 | Lactobacillus | 22 | Pediococcus | 7 |
| Actinomyces | 2 | Curtobacterium | 1 | Lactococcus | 6 | Peptococcus | 1 |
| Aerococcus | 6 | Cutibacterium | 2 | Lancefieldella | 1 | Peptoniphilus | 2 |
| Aeromonas | 5 | Deinococcus | 2 | Latilactobacillus | 4 | Peptostreptococcus | 1 |
| Aggregatibacter | 1 | Dellaglioa | 1 | Lawsonibacter | 1 | Phocaeicola | 3 |
| Agrilactobacillus | 1 | Dermabacter | 1 | Lelliottia | 1 | Phyllobacterium | 1 |
| Alcaligenes | 1 | Dermacoccus | 1 | Lentilactobacillus | 9 | Pluralibacter | 1 |
| Alicyclobacillus | 8 | Dermatophilus | 1 | Leuconostoc | 7 | Porphyromonas | 1 |
| Alistipes | 2 | Dialister | 1 | Levilactobacillus | 7 | Prevotella | 7 |
| Amylolactobacillus | 1 | Dietzia | 1 | Ligilactobacillus | 7 | Providencia | 2 |
| Anaerococcus | 2 | Eggerthella | 1 | Limosilactobacillus | 6 | Pseudescherichia | 1 |
| Anaerostipes | 1 | Eggerthia | 1 | Liquorilactobacillus | 7 | Pseudomonas | 19 |
| Anaerotruncus | 1 | Eikenella | 1 | Listeria | 4 | Psychrobacter | 1 |
| Anoxybacillus | 1 | Elizabethkingia | 1 | Loigolactobacillus | 3 | Rahnella | 1 |
| Apilactobacillus | 1 | Empedobacter | 1 | Longicatena | 1 | Ralstonia | 2 |
| Arcanobacterium | 2 | Enterobacter | 2 | Lysinibacillus | 3 | Raoultella | 2 |
| Arthrobacter | 1 | Enterocloster | 2 | Marinilactibacillus | 1 | Rhodococcus | 9 |
| Bacillus | 28 | Enterococcus | 21 | Mediterraneibacter | 1 | Rothia | 3 |
| Bacteroides | 11 | Escherichia | 7 | Megamonas | 1 | Salmonella | 9 |
| Barnesiella | 1 | Eubacterium | 2 | Megasphaera | 2 | Schleiferilactobacillus | 1 |
| Bifidobacterium | 19 | Exiguobacterium | 2 | Metamycoplasma | 2 | Secundilactobacillus | 5 |
| Blastomonas | 1 | Faecalimonas | 1 | Microbacterium | 7 | Serratia | 8 |
| Blautia | 3 | Faecalitalea | 1 | Micrococcus | 1 | Shewanella | 1 |
| Bombilactobacillus | 2 | Flavonifractor | 1 | Mitsuokella | 1 | Shimwellia | 1 |
| Brachybacterium | 1 | Fructilactobacillus | 3 | Moellerella | 1 | Siccibacter | 1 |
| Brevibacillus | 7 | Fructobacillus | 1 | Moraxella | 2 | Sphingobacterium | 2 |
| Brevibacterium | 5 | Furfurilactobacillus | 1 | Morganella | 1 | Sphingobium | 2 |
| Brevundimonas | 3 | Fusobacterium | 1 | Mycoplasmoides | 2 | Sphingomonas | 4 |
| Brochothrix | 1 | Geobacillus | 3 | Mycoplasmopsis | 2 | Sporolactobacillus | 2 |
| Burkholderia | 1 | Gluconacetobacter | 1 | Neisseria | 1 | Staphylococcus | 26 |
| Buttiauxella | 1 | Gordonia | 4 | Nocardia | 9 | Stenotrophomonas | 3 |
| Butyricimonas | 2 | Hafnia | 1 | Ochrobactrum | 2 | Streptococcus | 13 |
| Carnobacterium | 8 | Hathewaya | 1 | Oenococcus | 1 | Streptomyces | 1 |
| Catenibacterium | 1 | Helcococcus | 1 | Oerskovia | 1 | Suttonella | 1 |
| Cellulosimicrobium | 1 | Herbaspirillum | 1 | Okibacterium | 1 | Terrisporobacter | 1 |
| Chryseobacterium | 2 | Holdemanella | 1 | Oligella | 1 | Tetragenococcus | 2 |
| Citricoccus | 1 | Hydrogenophaga | 4 | Paenibacillus | 16 | Vagococcus | 1 |
| Citrobacter | 1 | Janibacter | 1 | Paeniclostridium | 1 | Vibrio | 4 |
| Clostridium | 9 | Janthinobacterium | 1 | Pandoraea | 1 | Weissella | 7 |
| Collinsella | 4 | Kandleria | 1 | Pantoea | 1 | Yersinia | 8 |
| Comamonas | 2 | Klebsiella | 6 | Parabacteroides | 3 | Yokenella | 1 |
| Companilactobacillus | 14 | Kocuria | 5 | Paracoccus | 1 | Zymomonas | 1 |
| Coprobacillus | 1 | Kytococcus | 1 | Paralactobacillus | 1 |
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