プロテオーム解析とは？-用語説明-

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電気泳動

帯電したタンパク質等の試料が電場で移動する現象であり、各成分の移動速度の違いにより分離するために用いられる。プロテオーム解析で用いられる二次元電気泳動では、一次元目に等電点、二次元目に分子量で分離させることが多い。
参考：電気泳動（日本電気泳動学会）

クロマトグラフィー

気体や液体等の移動相とカラムの固定相との相互作用を利用して、混合物の各成分を分離・精製・検出する分析方法。プロテオーム解析では、タンパク質やペプチド断片を分離させるため、液体クロマトグラフィーが用いられることが多い。
参考：クロマトグラフィーの原理と応用（一般社団法人 日本分析機器工業会）

ショットガンプロテオーム法

細胞等から抽出したタンパク質を消化酵素によりペプチド断片に切断し、LC/MS/MS（液体クロマトグラフ質量分析計）を用いて網羅的にタンパク質を同定する手法。網羅性を高めるため、抽出タンパク質を電気泳動で分離してからLC/MS/MS測定をすることも多い。

多次元クロマトグラフシーケンスタグ法

細胞等から抽出したタンパク質を消化酵素によりペプチド断片に切断し、多次元LC/MS/MS（多次元液体クロマトグラフ質量分析計）を用いてタンパク質を同定する手法。一次元目に強陽イオン交換カラム、二次元目に逆相カラムを組み合わせることが多い。

N末端アミノ酸シーケンス法

プロテインシーケンサーを用いて、エドマン分解法によりタンパク質のN末端（アミノ基側）からアミノ酸を1残基ずつ順番に切り出し、液体クロマトグラフで分離してアミノ酸配列を特定する手法。

MALDI-TOF-MS（マトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間型質量分析計）

【利点】
① 少量のサンプルで分析できる。
② 短時間で分析できる。
③ 混合物のそれぞれの重さを一度に測定できる。

【原理】
① ペプチド断片等の試料をマトリックスと混合し、レーザー照射によってイオン化する。イオン化された分子は真空中に放出される。
② 放出されたイオン分子の移動にかかる時間を測定する（＊）。
＊真空中では、質量の大きいイオン化された分子ほど遅く、小さいものほど速く移動する。アミノ酸の移動度は既に調べられているので、その値を参考に計算によってサンプルの質量を求める。
参考：飛行時間型質量分析計の原理と応用（一般社団法人 日本分析機器工業会）