付加情報取得のポリシーと方法

情報取得のポリシー

本ホームページは、バイオマス利用に関わる菌株の提供と、それら菌株の選定およびそれら菌株を用いた研究開発に有用な付加情報の提供を目的とするものです。

カテゴリー”糖化酵素系”には、汎用的なセルラーゼスクリーニング等でそれら酵素系を有すると判断された菌株が登録されています。それら菌株には、分類情報に加えてセルラーゼ酵素系生産性、菌体外タンパク質生産性、菌体外タンパク質の1D-secretome情報などが　”基礎情報”として付加されています。これら情報はあくまで定性的なものであることにご注意ください^＊。

またさらなる”高度情報”が付加された菌株もあります。”高度情報”には、前処理バイオマスや結晶性セルロースを添加した培養で優位に発現するcDNA断片配列（サブトラクション）情報や菌体外タンパク質の2D-secretome情報、ゲノム配列、精製酵素の性状などが含まれます。研究開発にご活用ください。

なお本ホームページに含まれる情報には、（独）新エネルギー・産業技術開発機構（NEDO）（http://www.nedo.go.jp/）の委託を受けて実施された、バイオマスエネルギー等高効率転換技術開発（先導技術開発）／酵素糖化・効率的発酵に資する基盤研究事業の成果が含まれます。

＊カビやキノコは、しばしば菌体外に非タンパク質性の着色成分や多糖質などを分泌します。これらの物質はタンパク質定量に際して、時に大きな影響を及ぼし、それはさらに比活性値に大きな影響を与えることになります。そのため、菌体外培養上清の活性値は定量性が乏しいと考えられます。

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情報取得の方法

糖化酵素系の"基礎"および”高度情報”の測定条件を記載いたしました

コロニー形状

ポテトデキストロース（PDA）寒天培地に菌体を含む寒天片を植菌し、約二週間後のコロニー像を撮影。

菌体外培養上清の調製

菌株情報記載の培養温度による液体培養 。前培養（培地：0.5% Yeast ext., 0.5% Sucrose, 1% Soluble starch, 0.1%ふすま、25ml、培養期間：10 日）, 酵素誘導培養（前培養物に、25ml の1% Avicel, Czapec brothを添加、誘導培養期間： 5 日) 。培養上清はガラス繊維ろ紙によるろ過後に以下に使用。

Azo-carboxylmethyl cellulose (CMC) 活性測定

endo型セルロース分解を主とした活性指標。初歩的な活性の有無の確認として活用可能。
測定条件：　40˚C, 10 min, Azo-CMC (Megazyme), 市販酵素製剤Accelerase 1000 (Danisco US Inc.)の希釈物との相対活性で活性を判断。

Azo-Avicel活性測定

exo型セルロース分解を主とした活性指標。より確実な分解活性の有無の確認と、活性の強弱の大まかな指標として活用可能。
測定条件：　40˚C, 5h, Azo-avicel (Megazyme), 市販酵素製剤Accelerase 1000(Danisco US Inc.)の希釈物との相対活性で判断。

菌体外タンパク質濃度測定

液体培養における菌体外酵素生産性（液体培養への適性）の指標に活用。
測定条件：　Protein assay kit (Bio Rad), 標準タンパク質にBovine Serum Albumin(BSA)を使用。

1D-secretomes

より確実なタンパク質生産性の評価や、酵素系の新規性の推察に活用。
条件：　SDS-PAGE (Leammliの系, 12.5 %T), CBB染色。

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サブトラクション cDNA

準備中

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Proteome

準備中

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Genome

準備中