NBRCニュース 第79号
今号の内容
1.
システムメンテナンスに伴うNBRCオンラインカタログ等の
一時停止のお知らせ
以下の日程において、電力年次点検及びそれに付随したシステムメンテナンスを行うため、NBRCオンラインカタログやDBRP(生物資源データプラットフォーム)等、NBRCの全てのウェブサービスがご利用いただけなくなります。また、電話やメール等によるお問い合わせをいただいても回答できない状態となります。ご不便をおかけしますが、ご理解いただきますようお願い申し上げます。
なお、詳細については後日、NITEウェブサイトに掲載いたしますので、ご確認ください。
停止期間:2023年3月3日(金)夕方~3月6日(月)午前中(予定)
なお、詳細については後日、NITEウェブサイトに掲載いたしますので、ご確認ください。
停止期間:2023年3月3日(金)夕方~3月6日(月)午前中(予定)
2.
新たにご利用可能となった微生物株
酵母では、油脂産生酵母として知られるLipomyces属菌株11株を公開しました(NBRC 114224~114229、NBRC 114231~114235)。これらの菌株についてはNBRCニュース No. 60でも紹介しています。
糸状菌では、魚類等の病原菌でサケの卵や孵化場の飼育タンクの水より分離された卵菌類7株(NBRC 115600~115606)を公開しました。病害防除の研究等への利用が期待されます。
細菌では、クラフトビールから分離されたアクチノバクテリア等12株(NBRC 115704~115714、NBRC 115848)を公開しました。クラフトビールの製造管理における指標菌としての利用が期待されます。
【新たに分譲を開始した微生物資源】
https://www.nite.go.jp/nbrc/cultures/nbrc/new_strain/new_dna.html
糸状菌では、魚類等の病原菌でサケの卵や孵化場の飼育タンクの水より分離された卵菌類7株(NBRC 115600~115606)を公開しました。病害防除の研究等への利用が期待されます。
細菌では、クラフトビールから分離されたアクチノバクテリア等12株(NBRC 115704~115714、NBRC 115848)を公開しました。クラフトビールの製造管理における指標菌としての利用が期待されます。
【新たに分譲を開始した微生物資源】
https://www.nite.go.jp/nbrc/cultures/nbrc/new_strain/new_dna.html
3.
微生物あれこれ(58)
原核生物のphylumの名前が変わりました
(浜田 盛之)
原核生物の高次分類群のうち、phylum(門)の名前が2021年に大きく変更されたことをご存じですか?少しややこしい話になりますが、本記事では背景を含めて簡単にご紹介したいと思います。
原核生物の学名は国際原核生物命名規約(International Code of Nomenclature of Prokaryotes; ICNP)に従って命名する必要があります。ICNPでは学名を付ける際のルールが細かく規定されているのですが、実はICNPが定義している分類学上のランクはspecies(種)からclass(綱)までであり、その上位の分類群であるphylum(門)は含まれていませんでした。従って、古くから用いられているFirmicutes門(ファーミキューテス)、Proteobacteria門(プロテオバクテリア)、Actinobacteria門(アクチノバクテリア)といった名前は、ICNPに基づく承認名ではありませんでした。今回のphylum名の大きな変更は、「phylum」というランクを正式にICNPに含めることを国際原核生物分類命名委員会(International Committee on Systematics of Prokaryotes)が決定したことを受けたものです(1)。また、命名法も、各門の基準属(最初に提唱された属)の末尾を-otaにする形で統一することとなりました。この命名のルールは、例えばclass(綱)は末尾を-iaに、order(目)は-alesに、family(科)は-aceaeにすることと同じです。
この決定に基づき、原核生物の42のphylumが前述の命名ルールに従って提唱され、正式な承認名となりました(2)。従って今回の話は、既知のphylumの定義変更等によるものではなく、基本的には単に命名ルールに則って機械的に名前(学名)が変更になっただけということがお分かりいただけると思います。これにより、例えばFirmicutes門として知られていたバチルス属や乳酸菌等を含む門はBacillota門、Proteobacteria門として知られていた大腸菌やシュードモナス属等を含む門はPseudomonadota門、Actinobacteria門として知られていたストレプトマイセス属等を含む放線菌はActinomycetota門という名称にそれぞれ変更されました。
原核生物の学名は国際原核生物命名規約(International Code of Nomenclature of Prokaryotes; ICNP)に従って命名する必要があります。ICNPでは学名を付ける際のルールが細かく規定されているのですが、実はICNPが定義している分類学上のランクはspecies(種)からclass(綱)までであり、その上位の分類群であるphylum(門)は含まれていませんでした。従って、古くから用いられているFirmicutes門(ファーミキューテス)、Proteobacteria門(プロテオバクテリア)、Actinobacteria門(アクチノバクテリア)といった名前は、ICNPに基づく承認名ではありませんでした。今回のphylum名の大きな変更は、「phylum」というランクを正式にICNPに含めることを国際原核生物分類命名委員会(International Committee on Systematics of Prokaryotes)が決定したことを受けたものです(1)。また、命名法も、各門の基準属(最初に提唱された属)の末尾を-otaにする形で統一することとなりました。この命名のルールは、例えばclass(綱)は末尾を-iaに、order(目)は-alesに、family(科)は-aceaeにすることと同じです。
この決定に基づき、原核生物の42のphylumが前述の命名ルールに従って提唱され、正式な承認名となりました(2)。従って今回の話は、既知のphylumの定義変更等によるものではなく、基本的には単に命名ルールに則って機械的に名前(学名)が変更になっただけということがお分かりいただけると思います。これにより、例えばFirmicutes門として知られていたバチルス属や乳酸菌等を含む門はBacillota門、Proteobacteria門として知られていた大腸菌やシュードモナス属等を含む門はPseudomonadota門、Actinobacteria門として知られていたストレプトマイセス属等を含む放線菌はActinomycetota門という名称にそれぞれ変更されました。
代表的なphylum名の新旧比較
以上が今回の学名変更の話の概要になります。個人的には、古くから用いられ、既に定着しているphylum名をわざわざ変更する必要があったのか少々疑問に思うところもありますが、原核生物の分類学における一つのトピックとして紹介いたしました。
【文献】
(1) Oren et al. (2021). Int J Syst Evol Microbiol, 71, 004851.
(2) Oren and Garrity (2021). Int J Syst Evol Microbiol, 71, 005056.
【文献】
(1) Oren et al. (2021). Int J Syst Evol Microbiol, 71, 004851.
(2) Oren and Garrity (2021). Int J Syst Evol Microbiol, 71, 005056.
4.
微生物の観察法(2)
光学顕微鏡による糸状菌の観察
(山口 薫)
NBRCニュースNo. 75「実体顕微鏡と光学顕微鏡による微生物の観察」に続きまして、今号では糸状菌の光学顕微鏡観察に焦点を当てて、さらに詳しく紹介します。
◆スライド培養法(スライドカルチャー)
糸状菌の形態観察において、胞子の形成様式の観察は重要です。胞子の構造を壊さないようにプレパラートを作るには、スライドカルチャー法が有用です。培地をメス等で5mm角に切り出し、乾熱滅菌したスライドガラスの上に載せ、4辺に菌を接種します。その培地の上に乾熱滅菌したカバーガラスを載せて、スライドガラスの上で菌を培養します。培地が乾燥しないように少量の滅菌水を入れたガラスシャーレの中に入れて培養しますが、その際にはガラスシャーレにU字のガラス棒を入れて、その上でスライドガラスを置くことで、滅菌水に浸からないようにします。培養を行いながら、胞子形成様式の観察に適したタイミングを実体顕微鏡で確認し、適したタイミングになったらカバーガラスをはずし、そのカバーガラスを、マウント液(ラクトフェノール液等)を垂らした新しいスライドガラスの上に置いてプレパラートにします。下のスライドガラスは、菌が生育した培地を廃棄し、スライドガラスの上に残った菌にマウント液を垂らして新しいカバーガラスを載せ、プレパラートとします。これにより、2枚のプレパラートができることになります(1, 2)(図1)。
平板培養物の上にカバーガラスを置く方法もあります。平板培地の一部をメス等で四角く切り出し、約10mm角の穴を作ります。その4辺に菌を接種して乾熱滅菌したカバーガラスをその四角い穴の上に置いてシャーレにフタをして培養します。この時、四角く切り出した辺の1辺だけには、空気の取り込み口となる溝を作ります。観察に適したタイミングでカバーガラスをはずし、マウント液を垂らしたスライドガラスの上にのせてプレパラートを作ります(1, 2)(図1)。
◆スライド培養法(スライドカルチャー)
糸状菌の形態観察において、胞子の形成様式の観察は重要です。胞子の構造を壊さないようにプレパラートを作るには、スライドカルチャー法が有用です。培地をメス等で5mm角に切り出し、乾熱滅菌したスライドガラスの上に載せ、4辺に菌を接種します。その培地の上に乾熱滅菌したカバーガラスを載せて、スライドガラスの上で菌を培養します。培地が乾燥しないように少量の滅菌水を入れたガラスシャーレの中に入れて培養しますが、その際にはガラスシャーレにU字のガラス棒を入れて、その上でスライドガラスを置くことで、滅菌水に浸からないようにします。培養を行いながら、胞子形成様式の観察に適したタイミングを実体顕微鏡で確認し、適したタイミングになったらカバーガラスをはずし、そのカバーガラスを、マウント液(ラクトフェノール液等)を垂らした新しいスライドガラスの上に置いてプレパラートにします。下のスライドガラスは、菌が生育した培地を廃棄し、スライドガラスの上に残った菌にマウント液を垂らして新しいカバーガラスを載せ、プレパラートとします。これにより、2枚のプレパラートができることになります(1, 2)(図1)。
平板培養物の上にカバーガラスを置く方法もあります。平板培地の一部をメス等で四角く切り出し、約10mm角の穴を作ります。その4辺に菌を接種して乾熱滅菌したカバーガラスをその四角い穴の上に置いてシャーレにフタをして培養します。この時、四角く切り出した辺の1辺だけには、空気の取り込み口となる溝を作ります。観察に適したタイミングでカバーガラスをはずし、マウント液を垂らしたスライドガラスの上にのせてプレパラートを作ります(1, 2)(図1)。
◆糸状菌の簡易的な観察方法
糸状菌の形態観察のための簡易的な方法として、平板培養した菌体を寒天ごと約5mm角に切り出し観察する方法があります。切り出しはメスやミクロスパーテルのヘラの方で切り出し、寒天の裏をくずさないように注意しながら、菌が生えてる面を上にしてスライドガラスの上に載せます。寒天の裏を傷つけてしまうと、光の透過が悪くなり、クリアな像にならないので注意が必要です。その寒天片にマウント液(滅菌水や70%エタノール液)を垂らし、カバーガラスを載せて観察します。カバーガラスは、培地の上に立ち上がった胞子構造等を同じ方向に倒すように気をつけながらそっとかぶせます(寒天を押しつぶしたりはしません)。胞子をたくさん作りすぎてしまっている場合は、70%エタノール液で胞子を少し洗い流してからマウント液を垂らして観察すると、胞子形成部位の細かい部分が観察できます。完成したプレパラートは寒天の分の高さがあり、さらに部分的に寒天の厚みも異なりますので、高倍率の対物レンズを使用する際は、試料を対物レンズにぶつけないように注意します。標本にはできないので、観察後はオートクレーブ滅菌してから廃棄します(図2)。
糸状菌の形態観察のための簡易的な方法として、平板培養した菌体を寒天ごと約5mm角に切り出し観察する方法があります。切り出しはメスやミクロスパーテルのヘラの方で切り出し、寒天の裏をくずさないように注意しながら、菌が生えてる面を上にしてスライドガラスの上に載せます。寒天の裏を傷つけてしまうと、光の透過が悪くなり、クリアな像にならないので注意が必要です。その寒天片にマウント液(滅菌水や70%エタノール液)を垂らし、カバーガラスを載せて観察します。カバーガラスは、培地の上に立ち上がった胞子構造等を同じ方向に倒すように気をつけながらそっとかぶせます(寒天を押しつぶしたりはしません)。胞子をたくさん作りすぎてしまっている場合は、70%エタノール液で胞子を少し洗い流してからマウント液を垂らして観察すると、胞子形成部位の細かい部分が観察できます。完成したプレパラートは寒天の分の高さがあり、さらに部分的に寒天の厚みも異なりますので、高倍率の対物レンズを使用する際は、試料を対物レンズにぶつけないように注意します。標本にはできないので、観察後はオートクレーブ滅菌してから廃棄します(図2)。
【文献】
(1) 宇田川ほか (1978). 菌類図鑑(下), 講談社
(2) 椿ほか (1998). 不完全菌類図説-その採集から同定まで-, アイピーシー
(1) 宇田川ほか (1978). 菌類図鑑(下), 講談社
(2) 椿ほか (1998). 不完全菌類図説-その採集から同定まで-, アイピーシー
5.
「NBRC微生物動画シリーズ」のウェブページを開設しました
第1弾でご紹介するのは、「ウシグソヒトヨタケのきのこ(子実体)形成 」 です。ウシグソヒトヨタケが試験管の中できのこを形成し、しおれるまでの過程をタイムラプスで撮影しました。以下URLにて公開しておりますので、是非、ご視聴ください。
【動画で見る微生物の魅力「NBRC微生物動画シリーズ」】
https://www.nite.go.jp/nbrc/cultures/support/microch.html
【動画で見る微生物の魅力「NBRC微生物動画シリーズ」】
https://www.nite.go.jp/nbrc/cultures/support/microch.html
6.
適格請求書発行事業者登録番号のお知らせ
2023年(令和5年)10月1日から導入が予定されております適格請求書等保存方式(インボイス制度)に関して、当機構は適格請求書発行事業者登録をいたしましたので登録番号をお知らせいたします。
登録番号:T9011005001123
国税庁適格請求書発行事業者公表サイトからも検索いただけます。
【国税庁インボイス制度適格請求書発行事業者公表サイト】
https://www.invoice-kohyo.nta.go.jp/regno-search/detail?selRegNo=9011005001123
<本件に関するお問い合わせ先>
企画管理部 財務・会計課
総括グループ 佐藤・坂本
電話番号:03-3481-1932
メールアドレス:nite-fad【@】nite.go.jp
(メールを送信される際は@前後の【】を取ってご利用ください)
登録番号:T9011005001123
国税庁適格請求書発行事業者公表サイトからも検索いただけます。
【国税庁インボイス制度適格請求書発行事業者公表サイト】
https://www.invoice-kohyo.nta.go.jp/regno-search/detail?selRegNo=9011005001123
<本件に関するお問い合わせ先>
企画管理部 財務・会計課
総括グループ 佐藤・坂本
電話番号:03-3481-1932
メールアドレス:nite-fad【@】nite.go.jp
(メールを送信される際は@前後の【】を取ってご利用ください)
7.
NBRCの展示について
以下のイベントにて展示、発表等を行います。ぜひご参加ください。
『小さな生物の大きな世界』展 ~くらしを守る小さな生き物(微生物)を学ぼう~
日時:2023年1月25日(水)~4月9日(日)10:00~17:00
会場:こども科学センター・ハチラボ(東京都渋谷区桜丘町23-21 文化総合センター大和田3F)
URL:https://www.city.shibuya.tokyo.jp/shisetsu/kosodate/hachirabo.html
NITEの参加形態:微生物に関する展示(小中学生対象)
第55回ペストコントロールフォーラム 長野大会
日時:2023年2月9日(木)、10日(金)
会場:ホテルメトロポリタン長野(長野県長野市南石堂町1346)
URL:https://www.pestcontrol.or.jp/news/tabid/103/Default.aspx?itemid=112&dispmid=553
NITEの参加形態:シンポジウム「新型コロナウイルスへの対応」での講演(10日10:00~10:30)
中部イノベネット 第2回オープンイノベーションサロン
日時:2023年2月27日(月)15:00~17:00
会場:名古屋駅前イノベーションハブ(愛知県名古屋市中村区名駅4-4-38 ウインクあいち15F)及びオンライン(Zoom)
URL:http://www.cstc.or.jp/cicn/
NITEの参加形態:講演(15:50~16:20)
日本農芸化学会2023年度広島大会
日時:2023年3月14日(火)~17日(金)
会場:オンライン
URL:https://www.jsbba.or.jp/2023/
NITEの参加形態:一般講演【1D04-07】、一般会員公募採択課題シンポジウム【3AS】での講演
第96回日本細菌学会総会
日時:2023年3月16日(木)~18日(土)
会場:アクリエひめじ(兵庫県姫路市神屋町143-2)
URL:https://www2.aeplan.co.jp/jsb2023/
NITEの参加形態:シンポジウム【S10】での講演、ポスター発表
『小さな生物の大きな世界』展 ~くらしを守る小さな生き物(微生物)を学ぼう~
日時:2023年1月25日(水)~4月9日(日)10:00~17:00
会場:こども科学センター・ハチラボ(東京都渋谷区桜丘町23-21 文化総合センター大和田3F)
URL:https://www.city.shibuya.tokyo.jp/shisetsu/kosodate/hachirabo.html
NITEの参加形態:微生物に関する展示(小中学生対象)
第55回ペストコントロールフォーラム 長野大会
日時:2023年2月9日(木)、10日(金)
会場:ホテルメトロポリタン長野(長野県長野市南石堂町1346)
URL:https://www.pestcontrol.or.jp/news/tabid/103/Default.aspx?itemid=112&dispmid=553
NITEの参加形態:シンポジウム「新型コロナウイルスへの対応」での講演(10日10:00~10:30)
中部イノベネット 第2回オープンイノベーションサロン
日時:2023年2月27日(月)15:00~17:00
会場:名古屋駅前イノベーションハブ(愛知県名古屋市中村区名駅4-4-38 ウインクあいち15F)及びオンライン(Zoom)
URL:http://www.cstc.or.jp/cicn/
NITEの参加形態:講演(15:50~16:20)
日本農芸化学会2023年度広島大会
日時:2023年3月14日(火)~17日(金)
会場:オンライン
URL:https://www.jsbba.or.jp/2023/
NITEの参加形態:一般講演【1D04-07】、一般会員公募採択課題シンポジウム【3AS】での講演
第96回日本細菌学会総会
日時:2023年3月16日(木)~18日(土)
会場:アクリエひめじ(兵庫県姫路市神屋町143-2)
URL:https://www2.aeplan.co.jp/jsb2023/
NITEの参加形態:シンポジウム【S10】での講演、ポスター発表
8.
新たな市場を形成するための標準化と認証の活用講座のご案内
(NITE国際評価技術本部からのご案内)
新技術の市場形成支援のために、NITEでは試験方法や評価方法の開発、その標準化及びその先にある認証基盤構築支援などを実施しています。この度、「新たな市場を形成するための標準化と認証の活用講座 ~優れた技術に確かな価値をNITEとともに~」(NITE講座)を、以下のとおり開催いたします。本講座では、NITEが行っている市場形成への取り組みの手法を紹介するとともに、実際に取り組んだ「ファインバブル」と「蓄電池」という2つの分野での成果をケーススタディとして取り上げて、具体的な内容を紹介します。ぜひご参加ください。
開催日時: | 2023年2月9日(木)13:30~16:30 |
開催形態: | オンラインによるライブ配信(Webexウェビナーを使用予定) |
募集定員: | 1,000名 |
参加費: | 無料(参加登録が必要です) |
受付期間: | 2月9日(木)講座開始(13:30)まで |
対象者: | 標準化や認証等の制度をビジネスに役立てたい方、標準化や認証の活用事例に興味のある方(経営層の方も大歓迎です。技術的な内容よりも、技術市場にどう普及していくのかという視点からお話します。) |
詳細・参加登録: | https://www.nite.go.jp/gcet/nite-kouza_2022_gijutukikaku_00001.html |
編集後記
以前より耳にする機会が増えた腸内菌叢という単語。微生物に関わる仕事をしているのにこれまであまり自分の腸内菌叢について考えていませんでしたが、その影響について聞くにつれ、ようやく改善をしてみるかという気になってきました。腸活始めます。まずは気持ちから。(SB)
以前より耳にする機会が増えた腸内菌叢という単語。微生物に関わる仕事をしているのにこれまであまり自分の腸内菌叢について考えていませんでしたが、その影響について聞くにつれ、ようやく改善をしてみるかという気になってきました。腸活始めます。まずは気持ちから。(SB)
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編集・発行
独立行政法人製品評価技術基盤機構(NITE)バイオテクノロジーセンター(NBRC)
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