NBRCニュース　第７８号

◆NBRC株
   糸状菌23株、細菌28株、微細藻類3株が新たにご利用可能となりました。

   糸状菌では、地衣類に多く含まれることが知られているポリオール（リビトールやマンニトールなどの多価アルコール）の同化能に関する研究に使用された、地衣類から分離された菌類17菌株（NBRC 113718～113733, NBRC 113944）を公開しました。

   細菌では、オーストラリアのミツバチから分離された乳酸菌（NBRC 114991, 114992, 115004）およびカジノキの実から分離された乳酸菌（NBRC 114433～114437）を新たに公開しました。これらは、グルコースを炭素源として最も好む一般的な乳酸菌とは異なり、炭素源としてフルクトースを好む（fructophilic）乳酸菌であることが報告されています。また、最も長い微生物種名であるMyxococcus llanfairpwllgwyngyllgogerychwyrndrobwllllantysiliogogogochensisを含む粘液細菌5株（NBRC 114350～114352, 114505, 111985）を公開しました。粘液細菌は多様な二次代謝を有することが知られており、海洋由来であるNBRC 111985は、寒天培地で培養すると寒天をクレーター状に分解していきます。ちなみに「Llanfairpwllgwyngyllgogerychwyrndrobwllllantysiliogogogoch」は英国にある地名です。

【新たに分譲を開始した微生物資源】
https://www.nite.go.jp/nbrc/cultures/nbrc/new_strain/new_dna.html

◆RD株
   果実や花などの植物から分離された乳酸菌20株（RD015385～015404）を新たに公開しました。

【詳細】 https://www.nite.go.jp/nbrc/cultures/rd/new_rd.html
【RD株リスト】 https://www.nite.go.jp/nbrc/cultures/rd/available_rd_list.html

  ２. 

  埋蔵菌プロジェクト（4）

  　　 

  フェア（FAIR）原則と埋蔵菌

  　　 

（国立科学博物館　細矢　剛）

   「埋蔵菌」とは実によいネーミングです。本来は世の中を回ることによって経済に貢献するはずが、地中に埋められたまま誰からも知られずに、利用されずにいる資金が「埋蔵金」であれば、研究に使用され、遺伝子配列があるなど付加価値がありながら、誰からも知られずに埋もれている菌株はまさに「埋蔵」菌です。

   実は、研究成果や研究データにも同様のものがあり、それらが問題になっています。それを解決するべく唱えられているのが「FAIR原則」（https://biosciencedbc.jp/about-us/report/fair-principle/）です。これはFindable（見つけられる）、Accessible (アクセスできる)、Interoperable（相互運用可能）、Reusable（再利用可能）の頭文字を取ったものです。例えば、数万件のデータをもとに論文を書いても、その成果論文が海外の山奥の図書館にあり、見つけられなければ、その成果を役立てることはできません。でも、何らかの形でデジタル化され、その情報がネットに出ていれば、少なくとも見つけることができます。しかし、せっかく所在が分かった論文が日本と国交のない国にしかなければそこにたどり着くことができません（アクセスできません）。それをなんとか手に入れたとしましょう。しかし、その結果が棒グラフや折れ線グラフで示されていただけでは、傾向がわかるだけで、データを見て、自分のデータと比較することができません。よしんば、粗データが（supplementary dataなどで）別途公開されていたとしても、それがJPGやPDFだったら、相互利用性がありません。運良くCSVなどで利用できるとしても、そこに「無断使用禁止」と書かれていたら再利用可能性がありません。

   科学を前進させるためには、データを一から取り直すのではなく、すでにあるデータを活用することも必要です。そのために、FAIRの原則が生まれました。論文やデータをデジタル化してDigital Object Identifier（DOI）やCCライセンスを与えることなどは、そのために有効です。今日、多くの論文はそのように書かれていますし、データは再利用可能な形でsupplementary dataとなっています。データそのものを出版するデータペーパーのようなカテゴリーもできてきました。

   さて、今回公開することとなったスクリーニング株（RD株）はイヌガヤ（Cephalotaxus harringtonia）の内生菌です。この植物は日本由来ですが、フランスにも分布しており、公開する微生物は、日本とフランスにおけるイヌガヤの葉の内生菌相を比較するために国内のイヌガヤから分離したものです（1）。菌株からはITSの遺伝子配列が得られ、それをもとに菌相を比較しましたが、そのもととなった菌株は埋蔵されたままでした。共著者のDupont氏と菌株の公開に合意することができ、幸い、NBRCのプロジェクトにより、日の目を見ることになりました。このような形で、FAIRの原則を物理的な材料のレベルで実践できることは大変ありがたいことです。エンドファイトは生きた植物に内生するという、腐生菌（落ち葉や倒木などに生える菌）とは異なる生態的機能があるため、代謝物や酵素などにも異なるものが期待されています。これが公開され、再利用も可能となることによって、新たな知見が生まれることを祈念します。

筑波実験植物園内にあるイヌガヤ。この針葉からも菌株が分離された。

【文献】
(1) Langenfeld, A. et. al. (2013). Fungal Biology, 117, 124-136.

【提供可能なRD株リスト】
https://www.nite.go.jp/nbrc/cultures/rd/available_rd_list.html

  ３. 

  DBRPのリニューアル

  　　 

  リンク情報のグラフィカル表示への変更とNBRC株情報更新のお知らせ

  ４. 

  「微生物有害情報リスト」をリニューアルしました！

  　　 

  （2022年10月25日公開）

  ５. 

  NBRC設立20周年記念シンポジウムのご案内

  ６. 

  NBRCの展示について

  ７. 

  BioJapan 2022のNITEスポンサーセミナーをYouTubeでご覧いただけます

   編集後記
   私事ですが、NBRCで働き始めて8ヶ月が経ちました。NBRCニュースの編集作業を通じて、バイオの世界の奥深さを日々実感しております。これからもバイオの魅力を存分にお伝えてしていく所存です。(RN)